Madrasah al-Quran Oncor Punthuk Sewu telah beroperasi sejak 2022. Madrasah ini menyediakan layanan pendidikan al-Qur’an bagi anak usia sekolah. Kurikulum pengajaran terdiri dari pembelajaran qiraat al-Qur’an dan beberapa pengetahuan keagamaan lainnya.
Pendidikan tidak semata terfokus pada cara baca al-Qur’an tetapi juga pembekalan keterampilan keagamaan lainnya, semisal Fikih, Akhlaq, Tajwid, praktik peribadatan sehari-hari dan doa. Pada hari sabtu, santri juga mendapatkan kelas pendidikan tambahan berupa pengenalan sains untuk mendukung pendidikan formal di sekolah.
